
Berdiri pada tanggal 1 Juli 1985 berdasarkan SK Mendikbud RI tanggal 22 Nopember 1985, No. 0601/01/1985. Karena pada saat itu belum memiliki gedung sendiri, sambil menunggu selesainya pembangunan gedung sekolah, maka kegiatan belajar mengajar dilaksanakan di SMP Negeri 23 Semarang pada sore hari dengan 3 lokal kelas.
Pjs. Kepala Sekolah SMA Negeri 13 Semarang pada saat itu adalah Drs. Soetiman, yang pada saat itu beliau juga mengampu mata pelajaran Bahasa Indonesia di SMA Negeri 3 Semarang. Selanjutnya kepemimpinan di SMA 13 Semarang adalah sebagai berikut :
| Periode Tahun | Nama Kepala Sekolah |
| 1987 s/d 1990 | Drs. M Cholil Saleh |
| 1990 s/d 1993 | Drs. Pandjidarto |
| 1993 s/d 1996 | Soetiyatni |
| 1996 s/d 1999 | Drs. Hudiyono |
| 1996 s/d 1999 | Dra. Sripah Sugiyanto |
| 2002 s/d 2005 | Drs. Irawan |
| 2005 s/d 2007 | Drs. Sentot Widodo, M.Pd |
| 2007 s/d 2009 | Drs. Haryoto, M.Ed. |
| 2009 s/d 2012 | Drs. Wiharto |
| 2012 s/d 2014 | Drs. Khoirul Imdad, Ed.M |
| 2014 s/d 2016 | Drs. Yuwana, M.Kom |
| 2016 s/d 2022 | Dr. Endah Dyah Wardani, M.Pd |
| 2022 s/d sekarang | Rusmiyanto, S.Pd., M.Pd. |