SMAN 13 Semarang terpilih sebagai Pilot Project Sekolah Damai bersama SMAN 7, 10, 11, Kota Semarang dan SMAN 1 Cepiring Kendal pada hari senin, 31 Januari 2022. Program Sekolah Damai merupakan inisiasi dari Wahid Foundation yang dirintis sejak 2016 yang bertujuan menyemai toleransi dan mempromosikan perdamaian dalam rangka mencegah intoleransi sejak dini di tingkat sekolah.
Program ini memiliki prinsip dasar yang kemudian diturunkan menjadi 3 pilar yang disebut Pilar Sekolah Damai berupa pilar kebijakan sekolah, pilar praktik toleransi dan perdamaian, serta pengelolaan organisasi kesiswaan. Ketiga rumusan pilar tersebut bertujuan untuk dapat menjadi pertimbangan dalam kebijakan di lembaga pendidikan ke depannya.
Aksi nyata Program Sekolah Damai diantaranya pelatihan-pelatihan, forum-forum, dan field trip, yang melibatkan berbagai unsur di sekolah, di antaranya guru agama dan siswa. Melalui berbagai kegiatan itu, tujuannya adalah untuk penguatan kapasitas semua pihak yang terlibat baik guru, sekolah, siswa, dan organisasi-organisasi kemahasiswaan.
SMAN 13 Semarang sendiri memiliki keberagaman agama yang dilingkupi dalam berbagai kegiatan seperti ekstrakulikuler rohis, kegiatan sholat jumat dan keputrian bagi agama Islam, kegiatan kebaktian setiap hari Jumat bagi agama Kristen dan Katholik serta mendatangkan guru bagi agama Hindu. Program Sekolah Damai juga diperlihatkan melalui perayaan acara natal yang beberapa kali dilaksanakan di aula SMAN 13 Semarang untuk mewadahi kegiatan dari kaum nasrani.
Kegiatan