Organisasi VOC dalam melancarkan monopoli perdagangan melakukan politik penguasaan wilayah – wilayah yang dianggap strategis seperti, Batavia, Makassar, dan Maluku. Tentu perluasan wilayah perdagangan ini akan bersinggungan dengan penguasa lokal maupun pedagang Eropa lain yang ada di Indonesia. Terdapat beberapa pemimpin kerajaan yang melakukan perlawanan terhadap VOC. Salah satu perlawanan bangsa Indonesia adalah Sultan Agung dari Kerajaan Mataram Islam.
Selama Sultan Agung memimpin, Mataram Islam mencapai masa kejayaan yang ditandai dengan perluasan wilayah, majunya bidang ekonomi, budaya, hukum dan pemerintahan. Selain itu Sultan Agung juga memiliki cita – cita yaitu :
Adapun keinginan kuat Sultan Agung mengusir VOC disebabkan beberapa faktor diantaranya :
Pada tahun 1626 Sultan Agung mempersiapkan penyerangan VOC melalui rencana penutupan hampir seluruh pantai Jawa atas perintah Tumenggung Baureksa dari Kendal selaku pimpinan perang. Pada tanggal 22 Agustus 1628, pasukan Tumenggung Baureksa bersama 50 kapal yang lengkap dengan perbekalan dan 7 kapal lain tiba di Batavia untuk menuju Malaka.
Pecah perang di Batavia karena VOC menginginkan untuk menghalang – halangi Mataram Islam. Pasukan Mataram dibawah Tumenggung Baureksa, ditambah pasukan yang dipimpin oleh Agul – Agul yang dibantu pasukan Sura Agul – Agul, Kiai Dipati Mandurareja dan Upa Santa.
Pertempuran sengit antara Mataram dan VOC terjadi di berbagai tempat. Namun, kekuatan VOC yang unggul dalam persenjataan memaksa Mataram mundur. Tumenggung Baureksa gugur dalam pertempuran ini dan serangan Mataram gagal.
Setelah meninggalnya para pahlawan Mataram, hal ini tidak membuat Mataram mengurangi niatnya untuk memperjuangkan semangat Mataram. Sultan Agung menyusun rencana untuk melakukan penyerangan lagi, namun rencana kedua telah diketahui VOC. Lumbung beras yang telah dipersiapkan dibakar, begitu pula 200 buah kapal Mataram yang hancur oleh VOC.
Walaupun demikian, Mataram dapat menghancurkan benteng Hollandia dan menguasai benteng Bomel. Ketika berjalannya perang, terdengar kabar bahwa Gubernur Jenderal J.P. Coen meninggal pada 21 September 1629. Kejadian ini membuat semangat Mataram menyala dan terus melakukan penyerangan.
Melalui persenjataan yang lengkap, akhirnya VOC dapat mengalahkan pasukan Mataram. Pasukan Mataram melemah dan akhirnya ditarik mundur kembali ke Mataram. Kegagalan ini sebagai penutup perlawanan Mataram. Setelah meninggalnya Sultan Agung, tidak ada penerus tahtanya yang melakukan perlawanan seperti layaknya Sultan Agung.