Pemberontakan PRRI Permesta adalah peristiwa separatis berupa gerakan revolusi oposisi pemerintahan Indonesia pasca kemerdekaan yang tidak puas terhadap pusat karena mengistimewakan Jawa dalam pembangunan daerah. Kondisi pemerintahan yang belum stabil serta belum meratanya kesejahteraan membuat banyak tuntutan memisahkan diri diberbagai daerah. Salah satu pemicu gerakan separatis adalah ketidakpuasan antara pusat dan daerah yang menganggap Jawa terlalu diistimewakan dibanding dengan wilayah lain.
Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) adalah gerakan separatis yang muncul pada 1950 di Sumatera. PRRI diprakarsai oleh beberapa tokoh diantaranya : Letnan Kolonel Ahmad Husein, Mr. Sjafruddin Prawiranegara, Mr. Assaat Dt. Mudo, Maluddin Simbolon, Prof. Dr. Soemitro Djojohadikoesoemo, Moh. Sjafei, J.F. Warouw, Saladin Sarumpaet, Muchtar Lintang, Saleh Lahade, Ayah Gani Usman, dan Dahlan Djambek. PRRI kemudian membentuk Dewan Banteng pada 20 Desember 1956, Letkol Ahmad Husein kemudian merebut kekuasaan Pemerintah Daerah dari Gubernur Ruslan Muljohardjo.
Melalui alasan bahwa gubernur tidak menjalankan pembangunan daerah, Letkol Ahmad Husein kemudian mencetuskan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) pada 15 Februari 1958. PRRI kemudian menuntut tiga hal dari pemerintah pusat diantaranya :
Tuntutan diajukan adalah ketidakpuasan pemerintah pusat yang dianggap tidak adil kepada warga sipil dan militer terkait pemerataan dana pembangunan. Reaksi dari pemerintahan adalah dengan melakukan operasi gabungan yang terdiri dari Angkatan Darat, Angkatan Laut, dan Angkatan Udara Angkatan Perang RI (APRI).
Selama masa operasi militer diketahui korban jiwa sebanyak 22.174 jiwa, 4.360 orang luka – luka dan 8.072 orang menjadi tawanan. Abdul Haris Nasution berusaha melakukan pendekatan secara intensif melalui jalur damai agar PRRI kembali setia kepada NKRI. Wilayah Sumatera Barat akhirnya dapat dikuasai oleh APRI pada akhir tahun 1960. Elemen sipil dan tentara dari PRRI diberikan amnesti melalui Keputusan Presiden No. 322 Tahun 1961 pada 22 Juni 1961. Namun, pada kenyataannya, amnesti ini tidak memberi dampak apapun karena pelajar dan mahasiswa masih hidup dalam tekanan.
Perjuangan Semesta atau Perjuangan Rakyat Semesta (Permesta) merupakan gerakan separatis yang terjadi pada tahun 1957 oleh Pemimpin Militer Indonesia Timur. Gerakan Permesta dipimpin oleh Kolonel Ventje Sumual, seorang perwira militer yang terlibat dalam peristiwa revoluioner. Pemberontakan Permesta dilatar belakangi oleh kekecewaan terhadap pusat karena menganggap mengistimewakan Jawa.
Berkembangnya sentimen ini kemudian bermuara pada aspirasi pemisahan diri dari Indonesia. Bermula dari permintaan Gubernur Sulawesi Andi Pangerang Pettarani kepada Perdana Menteri Ali Sastroamidjoyo dan Mendagri R. Sunarjo pada 1957. Permintaan ini ditujukan kepada pemerintah pusat agar memberikan otonomi yang lebih besar khususnya Indonesia Timur, termasuk pemerataan proyek pembangunan daerah.
Hal ini ditindaklanjuti melalui Andi Burhanuddin dan Henk Rondonuwu yang berangkat dari Sulawesi menuju Jakarta untuk kembali mendesak pemerintahan pusat. Panglima TT-VII Letkol Ventje Sumual juga melakukan hal yang sama namun mengalami kegagalan. Pada 2 Maret 1957, Letkol Ventje Sumual kemudian memprokalamasikan untuk wilayah Indonesia Timur melalui Piagam Permesta.
Isi Piagam Permesta yaitu: “Pertama-tama dengan mejakinkan seluruh pimpinan dan lapisan masjarakat, bahwa kita tidak melepaskan diri dari Republik Indonesia dan semata-mata diperdjoangkan untuk perbaikan nasib rakjat Indonesia dan penjelesaian bengka-lai revolusi Nasional.”
Dalam mengatasi hal tersebut, pemerintah mengupayakan untuk mengakhiri pemberontakan melalui pendekatan non militer dan operasi militer. Pada pendekatan non militer, Permesta diajak berunding solusi terbaik dalam penyelesaian kesenjangan pusat dan daerah. Sedangkan operasi militer dilakukan Operasi Merdeka, Operasi Tegas dan Operasi Sadar. Penumpasan Permesta dianggap lebih sulit daripada wilayah lain karena adanya campur tangan asing.
Pada 17 Desember 1960, Permesta menyetujui mengakhiri pemberontakan setelah pemerintah pusat membagi provinsi Sulawesi menjadi dua yaitu Sulawesi Utara dan Sulawesi Tengah. Pada Oktober 1961, akhirnya seluruh wilayah yang dikuasai Permesta mampu direbut melalui operasi militer. Permesta secara resmi berakhir dan pemerintah memberikan amnesti dan abolisi kepada mereka melalui Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 322 tahun 1961.