Berdiri pada tanggal 1 Juli 1985 berdasarkan SK Mendikbud RI tanggal 22 Nopember 1985, No. 0601/01/1985. Karena pada saat itu belum memiliki gedung sendiri, sambil menunggu selesainya pembangunan gedung sekolah, maka kegiatan belajar mengajar dilaksanakan di  SMP Negeri 23 Semarang pada sore hari dengan 3 lokal kelas.

Pjs. Kepala Sekolah SMA Negeri 13 Semarang pada saat itu adalah Drs. Soetiman, yang pada saat itu beliau juga mengampu mata pelajaran Bahasa Indonesia di SMA Negeri 3 Semarang. Selanjutnya kepemimpinan di SMA 13 Semarang adalah sebagai berikut :

1.Drs. M Cholil Saleh                       Periode 1987 s/d 1990

2.Drs. Pandjidarto                            Periode 1990 s/d 1993

3.Soetiyatni                                     Periode 1993 s/d 1996

4.Drs. Hudiyono                               Periode 1996 s/d 1999

5.Dra. Sripah Sugiyanto                    Periode 1999 s/d 2002

6.Drs. Irawan                                   Periode 2002 s/d 2005

7.Drs. Sentot Widodo, M.Pd             Periode 2005 s/d 2007

8.Drs. Haryoto, M.Ed.                      Periode 2007 s/d 2009

9.Drs. Wiharto                                 Periode 2009 s/d 2012

10.Drs. Khoirul Imdad, Ed.M                 Periode 2012 s/d 2014

11. Drs. Yuwana, M.Kom                            Periode 2014 s/d 2016

12. Dr. Endah Dyah Wardani, M.Pd       Periode 2016 s/d Sekarang